Здорову їжу з пептидами потрібно розміщувати лише в прохолодному та сухому місці.

Для пептидних реагентів і пептидних препаратів їх потрібно зберігати в сушарці. Ліофілізовані пептиди можна помістити при кімнатній температурі перед тим, як виставити їх на повітря. Це зменшить вплив вологості, і коли сублімаційне сушіння неможливе, найкращим способом є зберігання в невеликих робочих об’ємах зразків. Для пептидних реагентів, що містять Cys, Met або TrP, буфер розкислення є важливим для їх розчинення, оскільки пептидний реагент легко окислюється повітрям, а повільний потік азоту або аргону з поліпептидного реагенту перед закупорюванням пляшки також зменшить окислення. Пептидні реагенти, що містять Gln або Asn, також легко розкладаються, і всі пептиди мають обмежений термін служби порівняно з тими, які не містять цих проблемних ліозидів.
Пептиди мають широкий діапазон розчинності. Основною проблемою нерозчинності пептидів є утворення вторинних структур. Це відбувається у всіх пептидах, крім найважливіших, особливо в пептидах з кількома гідрофобними залишками. Сіль сприяє утворенню вторинної структури. Ми рекомендуємо спочатку розчинити пептид у стерильній дистильованій воді або провести деіонізацію. Якщо необхідно збільшити розчинність, можна використовувати ультразвукову обробку. Розчинення все ще є проблемою, додавання невеликої кількості розведеної оцтової кислоти (10 відсотків) або аміаку полегшить розчинення.
Для тривалого збереження пептидних реагентів найкраще сушити заморожуванням, а висушений холодом порошок можна зберігати при температурі -20 або нижче протягом кількох років з незначною деградацією або без неї. Пептиди в розчині далеко не стабільні. Пептиди сприйнятливі до бактеріального розкладання, тому їх слід розчиняти у стерильній очищеній воді.
Розчини пептидів, що містять залишки Met, Cys або Tyr, мають обмежений термін служби через окислення. Слід розчинити в анаеробному розчиннику, щоб запобігти повторному руйнуванню заморожуванням-відтаванням, рекомендується розчинити надлишок пептиду в експерименті з калом, а решту поліпептиду зберігають у вигляді твердого утворення.